Le bassin Loire-Bretagne compte près de 670 000 hectares de zones humides soit 4,3 % du territoire.

La politique d'aide de l'agence de l'eau en faveur des zones humides s’est construite graduellement avec une augmentation des moyens financiers. Au 10^e programme l’enveloppe d’aide pour les préserver est de 22,7 millions d’euros, soit près de 1% du programme d’intervention. Les aides ont doublé entre l’année 2007 et l’année 2015. Les actions de l’agence doivent permettre de répondre aux exigences réglementaires d’atteinte du bon état des milieux. Mais son rôle est également de sensibiliser, accompagner  les nombreux partenaires agissant en faveur des zones humides.

Suite à cette évaluation, le conseil d'administration invite l’agence à construire une stratégie d’intervention spécifique aux zones humides. Il souligne l’enjeu d’acquisition et de diffusion de connaissance préalable. Il s’agit d’inventorier ces milieux, identifier leurs fonctionnalités et prioriser les interventions de l’agence. Ce travail doit se poursuivre et s’amplifier. Le second enjeu est d’accompagner une diversité d’acteurs qui poursuivent des objectifs multiples : l’eau, la biodiversité, le patrimoine… en vue de l’atteinte des objectifs environnementaux du Sdage.